1935-ben polgári családban született, apai ágon székelyföldi, anyai ágon felvidéki (a XIX-XX. század fordulóján Budapestre származott) felmenőkkel. Édesapja Karátson László jogász, döntőbíró, a II. világháború végéig minisztériumi köztisztviselő. Édesanyja Olgyai Eleonóra, akinek apja – Karátson Gábor anyai nagyapja – Olgyai Viktor grafikusművész, a keleti filozófia kitűnő ismerője, műgyűjtő. Mivel őt Karátson személyesen már nem ismerhette (születése előtt meghalt), a nagyapai örökség, a kétségtelen szellemi inspiráció édesanyján keresztül, színes mesék és a természetben töltött kisgyermeki évek során jutott el hozzá.
A székely, illetve felvidéki származású szülők természetjáró emberek voltak, Karátson példlául a később számára oly központi helyet betöltött Gyimesbe először gyerekként, Erdély visszacsatolása nyomán jutott el.
Édesanyja a II. világháború végén, Budapest ostromakor (1945) bombatalálatban meghalt, e súlyos veszteség egész életén át végigkísérte. Fiatalkorát Karátson a Gellérthegyen töltötte, ahol öt évvel fiatalabb öccsével, Lászlóval együtt édesapja és anyai nagyanyja nevelték fel.
Középiskolai tanulmányait követően 1954-ben az ELTE magyar-német szakára vették fel, később a jogi karra irányították. 1956 nyarán későbbi érdkelődését meghatározó, élménygazdag utat tett a Székelyföldön és Gyimesben. Az októberi forradalomnak már az első napjaiban, sőt, az azt megelőző napokban is kezdeményező szerepet játszott az egyetemen. A forradalom idején tevőlegesen főként a Vöröskereszt munkájában vett részt, ugyanakkor egyike volt a Magyar Egyetemisták és Főiskolások Szövetsége megalapítóinak, emellett az ELTE forradalmi bizottságának tagjává választották. A forradalom leverését követően röplapok terjesztésében segédkezett, amiért 1957 márciusában, majd rövid szabadlábra helyezés után júniusban ismét letartóztatták. Perében a hírhedt vérbíró, Tutsek Gusztáv vezette népbíróság izgatás vádjával első fokon három évre, fellebbezés után másfél év börtönbüntetésre ítélte. Fogságát (nem elítélt, hanem “rab” volt, ahogy Ötvenhatos regényében írja) Vácon és Márianosztrán töltötte, részben dunai hajókon dolgozott; börtönévei során az egyszerű emberekkel és a természettel való kapcsolatában is alapvető élményekkel gazdagodott. (Megjegyzendő, hogy Karátson unokabátyja, Karátson Endre, aki szintén részt vett a forradalomban, utána Franciaországba emigrált, majd ott egyetemi tanárként, illetve ismert külföldi magyar íróként – Mikes Kelemen Kör – csak az 1970-es évektől lépett újra hazai földre, egyúttal Karátsonnal családi kapcsolatba.)
Minthogy szabadulás után Karátson Gábor egyetemi tanulmányait nem folytathatta, előbb fizikia munkásként, majd a Nemzeti Színház statisztájaként dolgozott, ezt követően a Corvina Kiadó korrektora, 1974-től – a rendszerváltás utáni évekig – idegen nyelvi szerkesztője volt. (Kitűnően beszélt és írt németül és angolul.)
A rendszerváltást követően a Miskolci Bölcsész Egyesületben, Pécsett a Janus Pannonius Tudományegyetemen, Budapesten az ELTE-n és a Képzőművészeti Egyetemen adott elő kínai filozófiát, illetve a keleti és európai filozófiai gondolkodás párhuzamairól. Bár már korán megmutatkozott művészi hajlama – tízévesen csodálatosan rajzolt, elsősorban természeti tájakat, épületeket, gyakran keleti motívumokkal ötvözve – és 1956 előtt írt szépirodalmat is (közöttük máig nem publikált verseket), a börtönből való szabadulása után úgy érezte, “magyarul már csak hazudni lehet”, így pénzkereső tevékenysége mellett a festészetet választotta élethivatásául. 1968-tól a nyilvánosságra is kilépett tempera- és olajfestményeivel, később akvarelljeivel, ugyanakkor egyre több művészeti és filozófiai írást is megjelentetett. Nagy tisztelője volt Vajda Lajosnank, a Vajda család révén ismerkedett meg Bálint Endre festőművésszel, aki első fiának kersztapja lett. (Második fiának keresztapja Vekerdy Tamás pszichológus, akit még a forradalom előtti időből ismert az ELTE-n. Szintén egyetemi jóbarátja volt a forradalomban fegyverrel is részt vett Forintos György szociológus.) Karátson szerteágazó érdeklődését jelzi e korszakban a Rudolf Steiner személyéhez kötődő antropozófia, amit Budapesten elsősorban a Török Sándor íróhoz kapcsolódó kör képviselt, ápolt; ott ismerkedett meg egy további kiváló barátjával, Szilágyi Péterrel. A festészetben is külön utakon járt, de eközben nagyszámú festőművész barátra tett szert, többek között Mauer Dórára, Major Jánosra. A hagyományos olajfestmények után elsősorban a temperafestést alkalmazta. Festői munkásságának elismerését jelzi, hogy 1955-2002 között a Magyar Festők Társaságának elnöke volt. Egyik legnagyobb önálló, gyűjteményes kiállítására 2005-ben került sor a városligeti Olof Palme-házban.
Az 1970-es évék végén természetjáróként, majd egy, a felesége édesanyjától kapott csónak birtokosaként, egyre aktívabb dunai evezősként mélyen érintette a tervezett bős-nagymarosi vízlépcsőépítés. Az 1980-as évek közepétől – az első hazai környezetvédelmi aktivisták között – a Duna-kör tagja, s később is a “Duna-ügy” egyik legismertebb szószólója maradt. 2000-ben Lányi Andrással, Vida Gáborral megalapította a Védegyletet, melynek 2008-ig elnöke is volt. 2002-2015 között – Bárdos Deák Péter hathatós támogatásával – a Duna Charta elnöke volt.
1995-ben megkapta a Magyar Köztársasági Érdemrend Középkeresztjét. Ugyancsak 1995-ben – az 1956-os forradalomban való helytállásáért – Nagy Imre-emlékplakettel, írói pályájáért 2005-ben József Attila-díjjal, festői életművéért 2003-ban Munkácsy-díjjal tüntették ki. Irodalmi és műfordítói munkásságáért 2006-ban Kossuth-díjban, festői munkásságáért 2014-ben Príma díjban részesült. A Magyar Művészeti Akadémia rendes tagja volt (2011-2015).
Felesége Granasztói Szilvia bábművész, művészetpedagógus volt, fiaik Dávid (1964) és János (1966).
2015. július 23-án hunyt el.
Kiadónknál Ji King– és Tao Te King-fordítása, az általa akvarellekkel illusztrált Evangéliumok jelentek meg, továbbá forgalmazzuk az általa írt Ulrik úr keleti utazása avagy A zsidó menyasszony című könyvét.